原子印章印文比普通印章印文的文字棱角发钝，印迹均匀清晰，没有浓淡之分，而且印文色料均匀，其印文既不溶于水、草酸溶液，也不溶于有机溶剂，这样有效的保证了印章的效果。

原子印章集印油与印章于一体，印油存储于印章中可以进行多次重复的利用，有些原子印章还可存储大量的印油用于成千上万次的盖章，而普通印章则需要不停地更换印泥，在盖章时也必须借助印泥的力量。

原子印章的印迹效果要比普通印章更加清晰牢固，文字棱角辨识度高，所印文字无颜色深浅区分，也无印迹露白或者不均匀的现象；而普通印章易受到印泥深浅色的影响，部分笔画或者线条容易出现露白现象，有时也会出现印迹不均或者字体模糊等现象。原子印章相比于普通印章在印色牢固性上也有明显的差异，其印字不易溶解于水以及其它类有机溶剂，能较大限度地保障印章效果，印色也能在较长时间内保持原色不变；而普通印章所凭借的印泥为水溶性色料，若是有大面积的水渗入就会导致印色模糊且不可视。

根据银行相关规定，预留印章时必须使用朱红印油，不得使用原子印章。